厂    商：美国

型    号： MiSeq/ILLUMINA

投入时间：2019年5月

放置地点：材料学院遍观楼411实验室

设备负责人：张昕/15257494561

◆ 技术指标：

满足常规海洋污损生物群落的16S、18S和ITS扩增子宏基因组测序以及常规小基因组微生物的基因组测序和转录组测序的通量要求；有效读长至少达到450 bp以上；单次反应数据产量达到10 Gb以上。

（1）测试原理：采用Illumina公司专利的可逆终止法边合成边测序技术；

（2）克隆扩增原理：桥式PCR法； 

（3）读长模式：单端或双端测序；

（3）最大读长：单端有效数据读长可达300个碱基；双端有效数据读长可达2×300个碱基；

（4）通量模式：双端2×75 bp，2×150 bp，2×250 bp和 2×300 bp测序；

（5）单次运行通量：采用2×300 bp双端测序时单轮测序反应生成的有效数据量可达13.2-15Gb（即150亿个碱基）；

（6）测序质量标准：Q30（即每个碱基的准确度为99.9％），并且75%以上的碱基比例达到Q30；

（7）测序错误率：每100碱基测序的碱基缺失率<0.001；

（8）样品通量：具备多重SNP分析功能，可在一轮实验中同时检测384个样品，对384×1536＝589824个SNP的DNA片段进行测序比对分析；

（9）数据均一性：可精确读取≥12个的连续单个重复碱基（如AAAAAAAAAAAAAAAA）；

（10）具备云储存功能，并具有公共交流平台，方便与业内专家共同分析与合作；

（11）集成数据分析：测序系统主机内置服务器，主机同时具备样本文库克隆扩增、测序和数据分析功能；无需再配置额外的样本文库克隆扩增和分析服务器；

（12）分析软件功能模块

1）基因组测序分析：全基因组重测序、Denovo测序、定向重测序、CNV-Seq（拷贝数变异分析）；

2）转录组测序分析：mRNA测序、末端配对mRNA测序、基于标签的基因表达、小RNA测序、降解RNA测序、DNA印迹与等位基因特异表达分析；

3）表观遗传与宏基因组分析：序列特异DNA结合蛋白及组蛋白修饰的ChIP-Seq、16S宏基因组学研究。

◆ 主要用途：

主要用于对包括海洋生物在内的各种微生物群落展开高通量测序分析，包括靶向基因、小型基因组、扩增子测序以及16S宏基因组等。平台包括进行样品制备与检测、文库制备与检测、高通量测序所需要的全套设备。其中MiSeq测序仪基于Illumina公司应用最广泛的边合成边测序专利技术，是目前最为精确、易用的桌面式测序系统。它能实现2×300 bp的读长，每次运行可产生2500万条测序read和高达15 Gb数据。